Esasen tasavvuf ehline iyi gözle bakmayan ve bunların Harezmşah katında saygı görmelerini çekemeyen Fahreddîn-i Râzi, Bahaeddîn Veled'in açıkça kendi aleyhine tavır almasına da çok içerlediğinden onu Harezmşah'a gammazladı. Bahaeddîn Veled'in de gönlü Harezmşah'tan incindi ve Belh'i terk etti. 9 Ancak araştırmacılar, Bahaeddîn Veled'in Belh'ten göç etmesine sebep olarak, Moğol istilasını gösterirler.
Sultânü'l-Ulema, aile fertleri ve dostlarıyla Belh şehrini 1212-1213 tarihlerinde terk ettikten sonra Hacca gitmeye niyet etmişti. Nişabur'a uğradı. Göç kervanıyla Bağdat'a yaklaştığında, kendisine hangi kavimden olduklarını ve nereden gelip nereye gittiklerini soran muhafızlara Sultânü'l-Ulema Şeyh Bahaeddîn Veled şu manidar cevabı verir: "Allah'dan geldik, Allah'a gidiyoruz. Allah'dan başka kimsede kuvvet ve kudret yoktur." 10 Bu söz Şeyh Şehabeddin-i Sühreverdi (1145-1235)'ye ulaştığında: "Bu sözü Belhli Bahaeddîn Veled"den başkası söyleyemez" dedi, samimiyetle ve muhabbetle karşılamaya koştu. Birbirleriyle karşılaşınca Seyh Sühreverdi, katırından inip nezaketle Bahaeddîn Veled'in dizini öptü, gönülden hürmetlerini sundu. Bahaeddîn Veled, Bağdat'ta üç günden fazla kalmadı ve Kufe yolundan Kabe'ye hareket etti. Hac farizasını yerine getirdikten sonra, dönüşte Şam'a uğradı. Bahaeddîn Veled, yanında biricik oğlu Mevlânâ olduğu halde, göç kervanıyla Şam'dan Malatya'ya, oradan Erzincan'a, oradan Karaman'a uğradılar. Karaman'da bir müddet kaldıktan sonra, nihayet Konya'yı seçip oraya yerleştiler.
